Auch wenn die Abdichtung der Deponie dies weitgehend verhindert, können Oberflächenwasser - anhängig von der Lage der Deponie aber auch Grund- und Quellwasser - in den Deponiekörper eindringen. Zusammen mit den feuchten Abfallbestandteilen und dem Prozesswasser, das durch die biochemischen Prozesse in der Deponie entsteht, durchströmt dieses Sickerwasser den Abfall und nimmt dabei Schadstoffe auf. Zum Schutz des Grundwassers, von Flüssen und Bächen und des Erdreichs wird dieses Sickerwasser über das Drainagesystem der Basisabdichtung oder über Brunnen unter der Deponie erfasst und einer mehrstufigen Reinigungsanlage zugeführt.
Auch am Standort Flörsheim-Wicker wird eine mehrstufige Reinigungsanlage betrieben. In der ersten Stufe der Sickerwasser-Reinigung werden Mikroorganismen beigegeben, die unter Luftzufuhr organische Verbindungen sowie Stickstoff und Phosphor abbauen. Der hierbei entstehende Nitratstickstoff wird in der zweiten Phase jetzt unter Luftabschluss von anderen Mikroorganismen in Stickstoff umgewandelt, der aus dem Wasser entweicht. Auch hier werden Kohlenstoff-Verbindungen abgebaut. 
Eine Ultra-Filtrationsanlage filtert nun alle Stoffe aus dem Wasser, die größer als 0,0001 Millimeter sind. Die verbliebenen Verunreinigungen werden nun durch die chemisch-physikalischen Prozesse während der abschließenden Aktivkohle-Filtration aus dem Sickerwasser entfernt, so dass die gesetzlichen Grenzwerte zuverlässig eingehalten werden. Das gereinigte Sickerwasser wird aber nicht in ein Gewässer eingeleitet, sondern dem kommunalen Klärwerk zugeführt.
Bei der Deponie Flörsheim-Wicker ist die 100-prozentige Basis-Abdichtung der Deponie nicht sichergestellt. Deshalb wird das Grundwasser durch eine ringförmige Dichtwand um das Gelände herumgeleitet. Falls Grundwasser trotzdem von unten in den Deponiebereich eindringt, wird dies über ein Brunnensystem zusammen mit dem Sickerwasser erfasst und der Reinigungsanlage zugeführt.
Ausführliche Informationen zur Sicherung und Sanierung der Deponie Flörsheim-Wicker (PDF-Format, 74 KB).
