Hauptsitz der Rhein-Main Deponie GmbH ist die Deponie Flörsheim-Wicker zwischen Wicker, Hochheim und Massenheim, für deren Betrieb, Sanierung und Sicherung die RMD verantwortlich ist.

An den Standorten Brandholz zwischen Usingen und Neu-Anspach im Hochtaunus und Offenbach-Heusenstamm hat die RMD die Sanierung und Sicherung der dortigen Deponien übernommen.

Ebenso liegt die ehemalige Deponie Weilbach zwischen den Kommunen Weilbach und Hattersheim im Verantwortungsbereich der RMD.

Den Geschäftsbereich Umweltcontrolling zur Deponie-Eigenkontrolle und Abwasserüberwachung betreibt die RMD am Standort Flörsheim-Wicker, Steinmühlenweg 8.